W średniowieczu, podobnie jak w innych okresach historycznych, niektóre gatunki zwierząt wymarły lub były na skraju wymarcia z różnych powodów, takich jak polowania, utrata siedlisk czy zmiany klimatyczne. Oto kilka przykładów zwierząt, które wymarły w okresie średniowiecza lub były bliskie wymarcia:

1. Tur (Bos primigenius) - Duży dziki przodek bydła domowego, który zamieszkiwał Europę, Azję i Afrykę Północną. Ostatni znany tur zmarł w 1627 roku w Polsce, ale populacje dramatycznie zmniejszały się już wcześniej, m.in. w średniowieczu, z powodu polowań i utraty siedlisk.

2. Dodo (Raphus cucullatus) - Choć dodo wymarł w XVII wieku, jego populacja zaczęła się zmniejszać po odkryciu Mauritiusa przez Europejczyków w XVI wieku. Wcześniej jednak, w średniowieczu, wyspa była stosunkowo izolowana, co pozwalało na rozwój unikalnych gatunków.

3. Wieloryb karłowaty (Eubalaena glacialis) - Choć nie całkowicie wymarły, populacje tych wielorybów dramatycznie spadły z powodu intensywnych polowań w średniowieczu i późniejszych okresach.

4. Alka olbrzymia (Pinguinus impennis) - Choć alka olbrzymia wymarła ostatecznie w XIX wieku, jej populacje były już zagrożone w średniowieczu z powodu polowań na mięso i pióra.

Warto zauważyć, że dokumentacja dotycząca wymarłych gatunków z okresu średniowiecza jest ograniczona, ponieważ wiele zapisów przyrodniczych z tego okresu nie przetrwało lub nie było prowadzonych w sposób systematyczny. Wiele informacji o wymarłych gatunkach pochodzi z późniejszych badań archeologicznych i paleontologicznych.